Vari ritrovamenti archeologici identificherebbero il sito di Borgo di Fossato, posto sui primi contrafforti della Cima di Mutali, con l’antico Vicus Helvillum, villaggio di sosta lungo la Via Flaminia. Semiabbandonato  nell’alto medioevo, risorse poco lontano per opera di greco-bizantini. Il nome “Fossato” deriverebbe dal tardo greco col significato di accampamento, luogo fortificato; “di Vico” è un’aggiunta del 1862 in memoria del conte Vico detto Lupo che nel 996 ne ricevette il vicariato da Ottone III. Nel XII secolo ai Vico succedettero i conti di Marsciano e nel ‘200 Fossato divenne libero Comune, con proprie leggi e statuti, sotto l’egida di Perugia.  

Nel 1442 subì l’attacco di Francesco Sforza e nel 1500 quello di Cesare Borgia; nel 1517 fu devastato dal duca d’Urbino, Francesco Maria Della Rovere; nel 1540 passò sotto il controllo della Chiesa che lo tenne fino all’Unità d’Italia (1861), fatta salva la parentesi dell’occupazione napoleonica. Salendo dal Borgo di Fossato verso il centro (coi ruderi della rocca), si segnalano la chiesetta di San Benedetto, con iscrizione del 1337 (all’interno, resti di affreschi di scuola eugubina), la cappella della Piaggiola (dipinti murali della scuola di Ottaviano Nelli) e la chiesa di S. Pietro, dell’XI secolo, a due navate.